關于日本輝瑞新冠疫苗的庫存量，厚生勞動省表示，在全國各醫療機構等作為庫存所保管的輝瑞疫苗數量有可能超過3800萬劑，所以要求各地方政府可以充分使用這些疫苗開展接種工作。

自7月以來，有些地方政府因為沒有收到預期的疫苗數量，而取消了民眾的接種預約或叫停了接受預約的手續。但據厚生勞動省透露，截至7月4日，已經向全國各地配送的輝瑞疫苗約為8825萬劑。其中根據疫苗接種記錄系統等顯示的數據證明，已經確認的接種劑次保持在約4950萬劑的水平。據此判斷，各醫療診所等保管的疫苗數量最多可達到3875萬劑，厚生勞動省要求各地方政府充分使用這些疫苗開展接種工作。
 

另一方面，地方政府則紛紛表示，庫存量是為了確保第2次疫苗接種所用的，而且有些疫苗雖然已經接種，但尚未及時輸入接種記錄系統。因此，實際剩余的疫苗數量可能十分有限。